Perisai : Adalah “tameng” atau penangkal yang digunakan untuk melindungi diri dari hal-hal yang mengancam keselamatan. SMP Pangudi Luhur St. Vincentius berusaha secara preventif melindungi diri terhadap pengaruh-pengaruh buruk dari luar yang dapat mengancam pembentukkan diri pada siswa menuju pribadi yang utuh.

Back Ground Warna Biru :  Melambangkan pribadi yang tegas dan cerdas. Warna Biru juga merupakan warna Maria yang lembut dan bijaksana. SMP PL St. Vincentius Sedayu, berlindung di bawah Maria bercita-cita membentuk siswa cerdas dan tegas terhadap pilihan hidupnya.

Padi dan Kapas : Melambangkan kesejahteraan. Damai sejahtera melingkupi seluruh komunitas SMP PL St Vincentius Sedayu. Kesejahteraan yang dimaksudkan tidak selalu menunjuk pada kelimpahan harta, namun lebih pada sikap mensyukuri dari apa yang Tuhan berikan.

Tulisan

SMP : Merupakan identitas sekolah yang merupakan jenjang pendidikan menengah pertama.

Pangudi Luhur : SMP PL St Vincentius adalah bagian dari karya kerasulan Yayasan Pangudi Luhur, yang didirikan oleh Para Bruder FIC.

Sedayu Bantul : Adalah lokasi geografis dan struktural SMP PL St Vicentius, terletak di Kecamatan Sedayu, Kabupaten Bantul.

St. Vincentius :  Adalah nama Santo Pelindung dari SMP Pangudi Luhur Sedayu, sebagai Pribadi Beriman Unggul dalam Mutu.

Lingkaran Putih : Melambangkan pergerakan yang terus-menerus tiada hentinya. Lingkaran berwarna putih melambangkan cita-cita mulia menuju kesucian. SMP PL St Vincentius dengan hati yang tulus dan total mengemban tugas suci untuk mencerdaskan anak-anak bangsa dan selalu mencari kebaikan (ngudi luhur) bagi dunia.

Kapal Berlayar

Kapal Bergerak di Lautan : Melambangkan perjalanan yang dinamis bagai mengarungi lautan. SMP PL St. Vincentius Sedayu dalam perjalanannya selalu terbuka terhadap dinamika yang terjadi dan selalu mengupayakan untuk bergerak maju seiring dengan pergerakan tuntutan zaman.

Buku Terbuka sebagai Layar : Melambangkan kecepatan pergerakan kapal sangat ditentukan oleh proses kegiatan pembelajaran di dalamnya baik bidang akademis maupun non akademis.

Tiang Kapal Berwarna Merah : Melambangkan keberanian menghadapi tantangan. Setiap tantangan bukan menjadikannya bergerak mundur melainkan berani menghadapi tantangan.

Nyala Api : Nyala api di atas huruf ‘M’ pada tulisan SMP, melambangkan kehadiran Roh Kudus bagai lidah-lidah api yang senantiasa menaungi, menyemangati dan memberikan ispirasi kepada sekolah, untuk tetap bernyala di tengah masyarakat.

Back Ground Hijau Muda :  Warna hijau muda menjadi latar belakang kapal yang berlayar, menjadi lambang harapan dan kesuburan. Sampai kapanpun SMP Pangudi Luhur St Vincentius Sedayu hidup dan bergerak selalu memiliki pengharapan untuk semakin dipercaya oleh masyarakat dan Gereja.