SMP PANGUDI LUHUR ST VINCENTIUS SEDAYU berdiri pada tahun 1962 dengan nama SMP Santo Paulus Sedayu, atas prakarsa Rm. Prof. Th. Houthuisen, SJ pastor paroki pada waktu itu. Sekolah ini dapat berdiri berkat kerjasama PMKRI Ranting Sedayu dengan SMP St Paulus. Pada awal masa berdirinya sekolah ini memiliki 21 siswa. Yang menjabat sebagai kepala sekolah pertama adalah Bapak FA. Sutikno, BA dan sebagai wakilnya ialah Bp Stanislaus Sunarto, Bsc. Yang tidak kalah pentingnya dalam menggagas berdirinya sekolah ini ialah Bapak YB Juremi Hadi Purnomo yang juga merupakan tokoh dari umat Paroki Sedayu.

Ketika sekolah ini dimulai, proses pembelajaran menggunakan ruang kelas SD Kanisius yang berada di dukuh Gubug, Sedayu. Pada perkembangan berikutnya, mulai tahun 1968, atas prakarsa Rm R. Wiryodarmojo, Pr SMP Santo Paulus ini diambil alih oleh Yayasan Pangudi Luhur. Dan sejak itu lokasi SMP Pangudi Luhur Sedayu berpindah tempat dari SD Gubug ke lokasi SPG Pangudi Luhur yang berseberangan dengan Stasiun Kereta Api. SMP Pangudi Luhur menempati lokasi ini hingga tahun 1980. Babak baru bagi SMP dimulai pada tahun 1981 dengan berdiri ditanah sendiri di Jalan Wates KM 12, Dusun Pedusan, Argosari, Saedayu-Bantul, Yogyakarta

Pada tahun 2007 sekolah ini telah genap berusia 45 tahun (Panca Windu). Dalam kurun waktu yang tidak muda ini, SMP ini telah meluluskan lebih dari 2000 siswa. Para alumnus SMP ini kini telah tersebar ke berbagai penjuru dunia dengan karyanya masing-masing. Ada yang di Thailand, Malaysia, Jepang, Amerika, Italia, Irak dan Afrika. Dari jumlah tersebut, paling tidak ada 9 orang terpanggil menjadi imam, 8 orang menjadi Bruder dan 30 orang terpanggil menjadi suster. Di luar itu, ada juga yang berkarya sebagai TNI/POLRI, PNS, Pegawai Swasta, Wiraswasta, hingga buruh.

Sejak berdiri sekolah ini telah terjadi pergantian Kepala Sekolah hingga 6 kali, yakni:

1. Bapak FA. Sutikno, BA (sejak th 1962)
2. Bapak Sunarto, BA (hingga th 2000)
3. Bapak Sumarto (2000 – 2003)
4. Bapak Antonius Bardi (2003 – 2006)
5. Br. Martinus Sariya Giri, S.Ag.FIC (2007 – 2012)
6. Bapak Celsius Suhartanta, SPd (2012 – sekarang)

Meski dari jalan besar tidak nampak, namun lokasi dan lingkungan sekolah ini sangatlah luas. Di sana memiliki lapangan olah raga yang luas, kebun atau taman dalam yang luas dan sebagian tanah masih berbentuk sawah. Suasananya asli di desa, namun pendekatan pendidikan cukup modern. Tempat yang pas bagi mereka yang ingin belajar dalam suasana tenang, asri, sejuk dan nyaman. Tempat yang tepat bagi mereka yang tidak ingin terpengaruh pergaulan hidup ke-kota-an.*)